何肇衢長年以油畫創作為主軸，多描繪自然風景。何肇衢的創作隨著時代脈動，例如〈野柳女王頭〉面臨風化斷頭危險，他也趕快到野柳，畫下女王頭的美景，為時代留下紀錄。
何肇衢以中國文人畫為底蘊，師法自然，卻不囿於自然。何肇衢說，「我的油畫創作完全有自然的根據，我所追求的是心中意象的重現，不是畫眼睛看到的景象，而是心中剎那的感動和美的經驗傳遞。」
很多人都好奇，為什麼何肇衢的作品中總有一道線條？明亮豐富的色彩好像到那一條線就會變調。成大教授蕭瓊瑞解析，何肇衢以線條將畫幅框出分隔，色彩因此改變，形成不同時空疊影的效果，或是晨昏並置，或是四季同呈，或是室內外交疊。那一條線打破空間，融入時間，使作品沒有時間和空間的界線。
風景寫生對何肇衢來說，是包含觀賞、思考和創作等連續的過程。例如〈觀音山夕照〉、〈淡水夕陽〉，他對觀音山的景物早已如數家珍，他所描畫的景象早已不是風景，而是長期在淡水河畔遊歷寫生的觀察，如將整個創作過程延展開來，彷彿在記錄淡水地區景觀不斷更迭的歷史。
另外，「福德祠」題材也常出現在他的作品中，主要是因前輩畫家林玉山居住在臺北大龍峒福德祠附近，何肇衢為了「臺陽美展」，經常前去拜訪，因此以福德祠前的巷弄為主題，作品往往以沉鬱的磚紅，呈現臺北古老巷弄的印象。